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小美超聲高通量聲波基因組剪切儀與 bioruptor非接觸式超聲破碎儀用于全基因組DNA 200-500bp片段化的實驗探究

作者:小美超聲 點擊數:56 更新日期:2025-09-10

實驗目的:將全基因組DNA樣品進行200-500bp區間的均一性片段化處理。
實驗儀器及材料:
1.實驗儀器:本次實驗選用三款非接觸打斷儀器如下:小美超聲-高通量聲波基因組剪切儀、bioruptor-非接觸式超聲破碎儀、小美超聲-聚能式超聲波DNA打斷儀。
2.實驗材料:核酸濃度為160 ng/μL的全基因組DNA溶液。
實驗步驟: 
1.提前15分鐘將三款儀器的冷水機啟動,設置溫度為4℃。
2.將每個愛思進品牌的1.5 mL EP管加入100 μL 濃度為160 ng/μL的全基因組DNA溶液。

3.將2管裝好樣品的1.5 mL EP 管分別放入三款儀器的適配器當中,其他空余的孔位由加同樣體積水的1.5 mL EP 管補齊。
4.程序設置:溫度4℃,超聲工作時間20s 間隔時間10s,總時長15分鐘和20分鐘,二個梯度對比。
5.程序結束后,取出樣品使用毛細管電泳進行基因組片段化檢測。
實驗結果:
1.小美超聲-高通量聲波基因組剪切儀
①程序設置:溫度4℃,超聲工作時間20s 間隔時間10s,總時長15分鐘

平均片段大小:310.0 bp

9-10-1.jpg

image.png

②程序設置:溫度4℃,超聲工作時間20s 間隔10s,總時長20分鐘
平均片段大小:300.1 bp

9-10-2.jpg

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2.bioruptor-非接觸式超聲破碎儀

①程序設置:溫度4℃,超聲工作時間20s 間隔時間10s,總時長15分鐘

平均片段大小:432.9 bp

9-10-3.jpg

image.png

②程序設置:溫度4℃,超聲工作時間20s 間隔時間10s,總時長20分鐘

平均片段大小:405.8 bp

9-10-4.jpg

image.png

3.小美超聲-聚能式超聲波DNA打斷儀

①程序設置:溫度4℃,超聲工作時間20s 間隔時間10s,總時長15分鐘

平均片段大小:365.5 bp

9-10-5.jpg

image.png

②程序設置:溫度4℃,超聲工作時間20s 間隔時間10s,總時長20分鐘

平均片段大小:388.1 bp

9-10-6.jpg

image.png

4.三款儀器實驗結果匯總


總時長15分鐘
200-500 bp區間占比

總時長20分鐘
200-500 bp區間占比

峰圖趨勢

小美超聲-高通量聲波基因組剪切儀

64.7%

64.3%

平緩

bioruptor-非接觸式超聲破碎儀

58.3%

63.2%

陡坡

小美超聲-聚能式超聲波DNA打斷儀

65.4%

62.2%

陡坡

注:當基因組片段在200-500 bp區間占比越高,峰圖越平緩狀時,說明基因組片段的均一性更好,反之亦然。

在樣品、程序設定等條件相同的情況下,bioruptor的非接觸式超聲破碎儀和小美超聲的聚能式超聲波DNA打斷儀在200-500 bp區間占比分別達到58.3%和65.4%,且二者峰圖呈陡坡狀,表明基因組片段化均一性差。

小美超聲的高通量聲波基因組剪切儀在200-500 bp區間占比達到64.7%,峰圖呈平緩狀,表明基因組片段均一性更好。


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